目錄
第一章 緒論
1.1 前言
1.2 微生物
1.3 環境微生物

第二章 原核生物與病毒
2.1 生物之分類
2.2 原核細胞(Procaryotes)
2.3 病毒
2.4 最新細菌分類法（Bergey氏手冊）
2.5 古細菌各論（參考）
2.6 特殊細菌（參考）

第三章 真核生物
3.1 前言
3.2 真菌
3.3 藻類(Algae)
3.4 原生動物

第四章 研究微生物的方法
4.1 觀察微生物的方法
4.2 檢體製備－染色
4.3 微生物的培養
4.4 菌種的保存
4.5 微生物生長之測定
4.6 目前水中微生物之標準檢測方法
4.7 應用分子生物技術進行微生物之檢測

第五章 影響微生物生長、死亡的環境因子及其生長特性
5.1 生長條件
5.2 生長特性
5.3 微生物的死亡

第六章 環境微生物
6.1 基礎觀念
6.2 種類
6.3 氮細菌
6.4 硫細菌
6.5 鐵細菌
6.6 錳細菌
6.7 汞細菌
6.8 氫細菌
6.9 甲烷菌
6.10 微生物去除環境中重金屬之機制
6.11 自然生態系之模擬(Winogadsky column)

第七章 環工微生物之應用
7.1 廢水處理的程序 177
7.2 生物處理法
7.3 活性污泥法
7.4 滴濾池(Trickling Filter)
7.5 氧化塘(Oxidation Pond)
7.6 旋轉生物盤(RBC)
7.7 活性生物濾床法(ABF)
7.8 厭氧消化法
7.9 接觸曝氣法
7.10 高級處理（三級處理）
7.11 環境微生物之新應用
7.12 堆肥技術

第八章 指標微生物
8.1 前言
8.2 對自來水理想指標微生物的條件
8.3 河流之自淨作用
8.4 水體污染指標
8.5 生物毒性試驗

第九章 優養化現象
9.1 前言
9.2 優養化(Eutrophication)
9.3 春秋翻騰(Turnover)
9.4 紅潮之機制
9.5 名詞解釋（參考）

第十章 頑固有機物之處理
10.1 土壤中之微生物
10.2 空氣中之微生物
10.3 難分解有機物概論
10.4 一般有機物之代謝反應
10.5 生物復育技術
10.6 頑固有機物分解模式
10.7 突變與酵素調控機制

第十一章 微生物之代謝
11.1 酵素與有機物代謝作用
11.2 糖解作用(Glycolysis)(EMP Pathway)
11.3 檸檬酸循環
11.4 電子傳遞鏈（厭氧及好氧）
11.5 醱酵作用
11.6 甘油進入TCA cycle
11.7 胺基酸進入TCA cycle
11.8 基質代謝總論
11.9 微生物產能之方式（三種）

附錄
精選例題